Բագրատունիների ծագումնաբանական արմատները հասնում են Արատտա պետության և Վանի թագավորության ժամանակներում գոյություն ունեցած Բագադատա, Բագա, Բագարնա կամ Բագավանդա անունները կրած տոհմերը և Բագբատու, Բագբաշտու կամ Բագմաշտու ցեղանունն ու դիցանունը, որոնք ծագում են հնդեվրոպական-արիական բագ արմատից։
Բագրատունիների ծագման մասին պատմաբանները միակարծիք չեն: Իրարամերժ տեսակետները Բագրատունիներին տալիս են հայկական, եբրայական, երբեմն՝ պարսկական ծագում:
Թյուրիմացությունը գալիս է Մովսես Խորենացու «Հայոց պատմությունից», համաձայն որի՝ Բագրատունիները սերում են հրեա Շամբատից, որի շառավիղներից Շամբատ-Բագրատին հայոց թագավոր Վաղարշակը տվել է թագադիր ասպետի պաշտոն, նշանակել Հայաստանի արևմտյան կողմի կուսակալ և տոհմը նրա անունով կոչել Բագրատունի։ Սակայն տվյալ դեպքում քերթողահոր մատյանին վստահել չի կարելի: Նախ՝ մեզ հասած նրա «Պատմության» ամենահին մատյանը թվագրվում է IX դարով՝ պատմիչի մահից գրեթե կես հազարամյակ անց, և վստահ չենք, թե այն չի խմբագրվել:
Բայցևայնպես, հարկ է նկատել, որ եթե անգամ Խորենացին է հաղորդել Բագրատունիների եբրայական ծագման մասին, դարձյալ առանց կասկածի ընդունել չի կարելի: V դարում հայոց աշխարհում, երբ արդեն անկում էր ապրել Արշակունիների թագավորությունը, առաջնության համար պայքար էր ընթանում Բագրատունիների, Սյունյաց, Արծրունյաց նախարարական տների միջև: Բնականաբար, այդ պայքարը սոսկ տնտեսական կամ ռազմաքաղաքական ենթատեքստ չուներ: Տոհմերից յուրաքանչյուրը պետք է նաև իր առաջնությունը հիմնավորող վարկածներ մտորեր: Սյունիները ծագում են Հայկ նահապետից, Արծրունիներն իրենց ծագումը վերագրում էին Ասորեստանի թագավորներին, իսկ Բագրատունիները կարող էին ընտրել եբրայական տարբերակը և իրենց վերագրել, թե ծագել են Հրեաստանի Դավիթ թագավորից՝ դրանով իսկ ազգակից դառնալով Հիսուսին, մանավանդ, որ տվյալ ժամանակահատվածում քրիստոնեությունն իշխող գաղափարախոսություն էր: Դա տարածված գործելաոճ էր Հին աշխարհում: Սա խոսուն վարկած է, մանավանդ որ Խորենացին «Հայոց պատմությունը» շարադրել է Սահակ Բագրատունի իշխանի պատվերով: Ի դեպ, Քերթողահայրը Սահակ իշխանին ուղղված խոսքում նշում է. «Քանզի ասելն ոմանց անհաւաստի մարդոց, ըստ յօժարութեան և ոչ ըստ ճշմարտութեան, ի Հայկայ զթագադիր ազգդ Բագրատունեաց լինել: Վասն որոյ ասեմ. մի այսպիսեաց յիմար բանից հավանիր. զի և ոչ մի շաւիղ կամ ցուցումն գոյ նմանութեան յասացեալսդ` որ զարդարութիւն ակնարկէ. զի ի բայբանից և անոճ իմն յաղագս Հայկայ և նմանեացն կակազէ»:
Ճիշտ է, պատմիչը մերժում է Բագրատունյաց հայկյան ծագումը, բայց և հավաստում V դարում այդ տեսության տարածվածությունը: Իսկ IX դարի Անանուն պատմիչը Բագրատունիներին համարում է Հայկ նահապետի որդի Արամանյակից սերված:
Իհարկե, Բագրատունյաց եբրայական ծագման տեսակետը հերքելն ամենևին դժվար չէ, քանզի Բագրատունիների ծագումնաբանությունը հասնում է մինչև մ.թ.ա. III հազարամյակ՝ Արատտա պետության և Արարատի թագավորության ժամանակներում գոյություն ունեցած Բագադատա, Բագա, Բագարնա կամ Բագավանդա տոհմերը և Բագբատու, Բագբաշտու կամ Բագմաշտու ցեղանունները:
Բագրատունիների տոհմի անվան հետ է կապված նաև Մեծ Հայքի Բագրևանդ գավառի անվանումը, որ այդ տոհմի հայրենական կալվածքն է եղել: Եվ բագ արմատը հայերենում նշանակում է աստված (բագ-բագին), հետևաբար Բագրատունիների տոհմը հին Հայաստանում հայոց քրմական տոհմերից մեկն է եղել: Ավելին, Արարատյան թագավորության գերագույն աստված Խալդի կինը Բագբարտու աստվածուհին էր:
Հայտնի չէ, թե հնում, երբ Բագրատունիները հայոց Արշակունի թագավորների թագադիրներն էին կամ Մարզպանական Հայաստանի կառավարիչները, ինչ զինանշան ունեին, բայց Հայաստանի թագավոր եղած ժամանակ նրանց զինանշանի վրա առկա են թե՝ առյուծի, թե՝ արծվի պատկերներ:Բագրատունիների առյուծի պատկերով հնագույն զինանշանը գտնվում է Կարսի Առաքելոց եկեղեցու հարավային ճակատին: Առաքելոց եկեղեցին կառուցվել է Աշոտ Երկաթի եղբոր՝ Աբաս Բագրատունի թագավորի օրոք՝ 930-943 թվականներին: Առյուծի պատկերն իրականացված է հարթաքանդակի եղանակով քարի վրա փորված քառակուսու ներսում: Առյուծը գլխով ուղղված է դեպի աջ և նայում է դիտողին: Որպես իշխանության նշան՝ առջևի աջ թաթը բարձրացրած է վեր,պոչը՝ վեր տնկված: Թեև պատկերն իրականացված է առանց մանրամասների ընգծման, այնուամենայնիվ, խոսուն է: Փաստորեն, լինելով Առաքելոց եկեղեցու պատին, ամենայն հավանակությամբ, զինանշանը պատկանում է Աբաս թագավորին: Անիում գտնված սալաքարի վրա առյուծի պատկերը իրականացված է քանդակային եղանակով: Առյուծը գլխով ուղղված է դեպի աջ և բացարձակապես կրկնում է Կարսի քանդակը: Առավել մանրամասնորեն են քանդակված կենդանու կուրծքը, վիզը, դեմքը: Կուրծքը ուռցրած է, բաշը հարթ է, հոնքը հաստ ու ընդգծուն է: Ճակատին ռումբիկ է փորագրված, որը խորհրդանշում է իշխանապետ լինելը:Հենց այս առյուծապատկերն է որպես Բագրատունիների խորհրդանիշ պատկերվել Հայաստանի Առաջին Հանրապետության և Հայաստանի Երրորդ Հանրապետության զինանշաններին՝ վահանի առակողմյան վերին հատվածում: Անիում գտնվել են գլխով դեպի աջ ուղղված ևս երկու զինանշանային քանդակներ:

Վստահորեն կարելի է փաստել, որ Բագրատունիների կենտրոնական իշխանության զինանշանը ևս գտնվում է Կարսի Առաքելոց եկեղեցու գմբեթի խորշերից մեկում:Զինանշան-արծիվը քանդակված է արձանային եղանակով և ունի ուղղահայաց կառուցվածք: Թռչնի թևերը հպված են մարմնին, կուրծքը դուրս ցցված է, վիզը թեքված է մի փոքր ձախ, գլուխը ցավոք, ջարդված է: Հզոր ճանկերի մեջ պոչին սեղմած պահում է ինչ-որ անորոշ կենդանու: Քանդակն իրականացված է թեփուկաքանդակային եղանակով: Բագրատունիների անիական շրջանից հայտնի է զինանշանային մեկ այլ տարբերակ, որը գտնվում է Անիի Մայր տաճարի արևմտյան ճակատին: Այստեղ՝ կենտրոնական մասում, իրար զուգահեռ, երկու խորշերի գլխին , գրեթե նույն ոճով քանդակված են զինանշան-արծվի պատկերներ: Թռչունն ունի հորիզոնական կառուցվածք, պատկերված է այն պահին, երբ երկնքից, թևաբախումով, բացված պոչով իջնում ու ճանկում է զոհին: Ամբողջ պատկերը շարժման մեջ է. հզոր թևերը ալիքաձև, ոլորուն ճախրում են օդում, մագիլները խրվել են աննշան ու անորոշ զոհի մարմնի մեջ ու սեղմվել են հզոր պոչին: Թռչնի գլուխը մի փոքր ձախ է թեքված եղել, որով որոշվում է նաև կրծքի ձախ ուղղվածությունը: Ինչպես և Կարսում, Անիի Մայր տաճարի երկու արծիվների գլուխներն էլ կոտրված են, որով զինանշանային այս անզուգական պատկերները որոշ չափով խամրում են: Զինանշանային արծվաքանդակները թեև զուրկ են մանրամասների ընգծումից և ընդհանրապես մշակված չեն, սակայն լավագույնս են արտահայտում հզոր թագավորների՝ Բագրատունիների կարգավիճակը. նրանք այնքան հզոր էին, որ նրանց դեմ թշնամիներն աննշան ոչնչություն են: Բագրատունիների այս զինանշանը կերտվել է Գագիկ Ա թագավորի օրոք, երբ Բագրատունիները գտնվում էին փառքի գագաթնակետին, և նրանց զինանշանն էլ այդ է ապացուցում:Անիի մայր տաճարի զինանշանային պատկերի նմանությամբ՝ երկու նույնատիպ արծվապատկերներ են փորագրված Անիի միջնաբերդի պալատական եկեղեցու ներսում: Եկեղեցին կառուցվել են Բագրատունիները՝ 10-11-րդ դարերում:Ավելի ուշ Բագրատունիների զինանշանային պատկերները որդեգրեցին իրենց Բագրատունյաց տոհմից սերված համարող՝ նրանց իրավահաջորդ Զաքարյանները: Զաքարե Բ-ի և Իվանե Աճի համար որոշ փոփոխություններով օգտագործվեց Կարսի Առաքելոց եկեղեցու արծվապատկերները, իսկ Վահրամյանները որդեգրեցին Անիի Մայր տաճարին գտնվող զինանշանը՝ դրանում որոշ հավելում կատարելով:
850-855 թվականների հակաարաբական մեծ ապստամբությունից հետո Բաղդադի խալիֆ Ջաֆար իբն Մուհամմադ ալ-Մութավաքքիլը հաշտվում է քրիստոնյաների ինքնուրույնության հետ և կառավարիչ նշանակում ապստամբության ղեկավար Աշոտ Բագրատունուն։ 862 թվականին վերջինս դառնում է նաև իշխանաց իշխան և ռազմաքաղաքական իշխանությունից զատ տնօրինում նաև երկրի հարկային համակարգը ու տնտեսական կյանքը։ Համախմբելով Արծրունիների, Սյունիների և վրաց Բագրատունիների իշխանական տները՝ Աշոտ Բագրատունին քայլ առ քայլ գնաց դեպի անկախություն։ 869 թվականին հայոց կաթողիկոս Զաքարիա Ձագեցին, ում նստավայրը կուսակալության կենտրոն Դվին քաղաքն էր, գումարում է ժողով, որի ժամանակ որոշվում է Աշոտ Բագրատունուն օծել հայոց թագավոր։ 876 թվականին Կոստանդնուպոլսում գահ բարձրացած հայազգի Վասիլ կայսրը նույնպես օժանդակում է հայոց պետականության վերականգնմանը։ 885 թվականին` մոտ կեսհազարամյա դադարից հետո, վերականգնեց Հայաստանի կորսված անկախությունը և Գևորգ Գառնեցի կաթողիկոսը Բագարանում Աշոտին օծեց հայոց թագավոր։